Paquet : discosnp (2.3.0-2)

[ Paquet source : discosnp  ]

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Autres paquets associés à discosnp

• dep: gatb-core

  boite à outils génomique avec le graphe de de Bruijn

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.8) [i386]

• dep: libgatbcore2 (>= 1.4.1) [amd64]

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

  dep: libgatbcore2 (>= 1.4.1+git20181225.44d5a44+dfsg) [non amd64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [non i386]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]

• dep: libhdf5-103

  Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger discosnp

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	774,4 ko	1 604,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	762,9 ko	1 584,0 ko	[liste des fichiers]
i386	781,0 ko	1 544,0 ko	[liste des fichiers]