Balík: discosnp (1:2.6.2-4 a iné)

[ Zdroj: discosnp  ]

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom discosnp

• dep: bc [m68k, sh4]

  GNU jazyk kalkulátora s neobmedzenou presnosťou

• dep: gatb-core [nie m68k, sh4]

  Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

  dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [nie amd64, m68k, sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64, m68k, sh4]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Balík nie je dostupný

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Balík nie je dostupný

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [nie hppa, ia64, m68k, sh4]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: python [m68k, sh4]

  Balík nie je dostupný

• dep: python3 [nie m68k, sh4]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [nie m68k, sh4]

Stiahnuť discosnp

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1:2.6.2-4+b1	1,408.4 kB	3,063.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1:2.6.2-4+b2	1,423.5 kB	2,900.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1:2.6.2-4+b1	1,408.6 kB	3,060.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1:2.6.2-1	1,416.6 kB	2,789.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1:2.6.2-3+b1	1,435.4 kB	3,315.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.2.6-2	121.2 kB	299.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1:2.6.2-4+b1	1,408.7 kB	3,120.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1:2.6.2-4+b1	1,424.5 kB	3,263.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1:2.6.2-4+b1	1,424.5 kB	3,124.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1:2.6.2-4+b1	1,411.9 kB	2,760.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.2.6-2	148.7 kB	299.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1:2.6.2-4+b1	1,388.4 kB	7,047.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1:2.6.2-4+b1	1,407.2 kB	2,678.0 kB	[zoznam súborov]