Pakiet: discosnp (1:2.6.2-4 i inne)

[ Pakiet źródłowy: discosnp  ]

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Inne pakiety związane z discosnp

• dep: bc [m68k, sh4]

  GNU bc - język kalkulatora z dowolną precyzją

• dep: gatb-core [nie m68k, sh4]

  Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, hppa, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

  dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [nie amd64, m68k, sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64, m68k, sh4]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Pakiet niedostępny

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Pakiet niedostępny

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [nie hppa, ia64, m68k, sh4]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: python [m68k, sh4]

  Pakiet niedostępny

• dep: python3 [nie m68k, sh4]

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [nie m68k, sh4]

Pobieranie discosnp

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1:2.6.2-4+b1	1 408,4 KiB	3 063,0 KiB	[lista plików]
amd64	1:2.6.2-4+b2	1 423,5 KiB	2 900,0 KiB	[lista plików]
arm64	1:2.6.2-4+b2	1 408,8 KiB	3 060,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1:2.6.2-1	1 416,6 KiB	2 789,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1:2.6.2-3+b1	1 435,4 KiB	3 315,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	1:2.6.2-4+b1	1 411,6 KiB	3 060,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.2.6-2	121,2 KiB	299,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1:2.6.2-4+b1	1 408,7 KiB	3 120,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1:2.6.2-4+b1	1 424,5 KiB	3 263,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1:2.6.2-4+b1	1 424,5 KiB	3 124,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1:2.6.2-4+b1	1 411,9 KiB	2 760,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.2.6-2	148,7 KiB	299,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1:2.6.2-4+b1	1 388,4 KiB	7 047,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1:2.6.2-4+b1	1 407,2 KiB	2 678,0 KiB	[lista plików]