Пакет: discosnp (1:2.6.2-4 и други)

[ Източник: discosnp  ]

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Други пакети, свързани с discosnp

• dep: bc [m68k, sh4]

  GNU bc arbitrary precision calculator language

• dep: gatb-core [не m68k, sh4]

  Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, hppa, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

  dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [не amd64, m68k, sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Пакетът не е наличен

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Пакетът не е наличен

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [не hppa, ia64, m68k, sh4]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python [m68k, sh4]

  Пакетът не е наличен

• dep: python3 [не m68k, sh4]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]

  compression library - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [не m68k, sh4]

Изтегляне на discosnp

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	1:2.6.2-4+b1	1 408,4 кБ	3 063,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	1:2.6.2-4+b2	1 423,5 кБ	2 900,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	1:2.6.2-4+b2	1 408,8 кБ	3 060,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	1:2.6.2-1	1 416,6 кБ	2 789,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	1:2.6.2-3+b1	1 435,4 кБ	3 315,0 кБ	[списък на файловете]
loong64 (неофициална архитектура)	1:2.6.2-4+b1	1 411,6 кБ	3 060,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	1.2.6-2	121,2 кБ	299,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	1:2.6.2-4+b1	1 408,7 кБ	3 120,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	1:2.6.2-4+b1	1 424,5 кБ	3 263,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	1:2.6.2-4+b1	1 424,5 кБ	3 124,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	1:2.6.2-4+b1	1 411,9 кБ	2 760,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	1.2.6-2	148,7 кБ	299,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	1:2.6.2-4+b1	1 388,4 кБ	7 047,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	1:2.6.2-4+b1	1 407,2 кБ	2 678,0 кБ	[списък на файловете]