Paquet : gatb-core (1.4.2+dfsg-13 et autres)

[ Paquet source : gatb-core  ]

boite à outils génomique avec le graphe de de Bruijn

Le projet GATB-CORE fournit un ensemble d’algorithmes très efficaces pour analyser des ensembles de données de NGS. Ces méthodes permettent l’analyse d’ensembles de données de toutes tailles sur des ordinateurs de bureau multicœurs, y compris de quantités très importantes de données de lecture provenant de n’importe quel organisme tel qu’une bactérie, une plante, un animal ou même un échantillon plus complexe (par exemple, un métagénome). Plus d’informations sur GATB sont disponibles sur https://gatb.inria.fr/. En lui-même, GATB-CORE n’est pas un outil d’analyse NGS. Cependant, il peut être utilisé pour créer un tel outil. Il existe déjà un ensemble d’outils prêts à l’emploi basés sur la bibliothèque GATB-CORE : consulter https://gatb.inria.fr/software/.

Autres paquets associés à gatb-core

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, hppa, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcppunit-1.15-0 (>= 1.15.1)

  Bibliothèque de test unitaire pour C++

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [non arm64, hppa, ia64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [alpha, ia64, x32]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [non alpha, hppa, ia64, x32]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 12) [hppa]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non hppa, ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger gatb-core

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.4.2+dfsg-13+b1	2 895,3 ko	22 928,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.4.2+dfsg-13+b3	3 233,2 ko	22 215,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.4.2+dfsg-13+b3	2 960,5 ko	21 960,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.4.2+dfsg-10	2 484,0 ko	17 975,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.4.2+dfsg-13+b1	3 643,7 ko	32 770,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.4.2+dfsg-13+b3	3 604,6 ko	32 809,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.4.2+dfsg-13+b3	3 706,2 ko	29 384,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.4.2+dfsg-13+b3	3 157,8 ko	26 120,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.4.2+dfsg-13+b3	2 875,8 ko	18 236,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.4.2+dfsg-13+b3	2 411,1 ko	22 634,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.4.2+dfsg-13+b2	2 864,9 ko	19 326,0 ko	[liste des fichiers]