Paquet : bowtie (1.3.1-3 et autres)

[ Paquet source : bowtie  ]

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Ce paquet aborde le problème de l'interprétation des résultats des dernières technologies (2010) de séquençage de l'ADN. Celles-ci produiront des étirements assez courts et qui ne peuvent pas directement être interprétés. C'est le défi d'outils comme Bowtie de donner un emplacement chromosomique aux courts étirements de l'ADN séquencé à chaque exécution.

Bowtie aligne des (lectures de) séquences d'ADN du génome humain à un débit de 25 millions de lectures de paires de bases 35 par heure. Le paquet Bowtie indexe le génome humain avec un indice de Burrows-Wheeler pour garder une faible empreinte mémoire : typiquement environ 2,2 Go pour le génome humain (2,9 Go pour le séquençage à partir des deux extrémités).

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Sciences: science::calculation, scope::utility, But: Analyse, use::comparing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à bowtie

• dep: libc6 (>= 2.34) [non arm64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non riscv64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non arm64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: bowtie-examples

  exemples pour bowtie, l'aligneur de lectures courtes ultra rapide et efficace en mémoire

Télécharger bowtie

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1.3.1-3	1 588,9 ko	6 845,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.3.1-3+b1	1 305,9 ko	6 738,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.3.1-3	1 050,6 ko	8 129,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.3.1-3	1 370,8 ko	7 889,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.3.1-3	1 510,0 ko	5 365,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.3.1-3	1 530,6 ko	6 969,0 ko	[liste des fichiers]