Paket: mummer (3.23+dfsg-7)

[ Quellcode: mummer  ]

Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome

MUMmer ist eine Umgebung für ein schnelles Alignment ganzer Genome, ob in endgültiger Form oder als noch unvollständiges Assembly. MUMmer 3.0 etwa findet alle exakten Übereinstimmungen von einer Länge von wenigstens 20 Basenpaaren zwischen einem Paar von 5 Megabyte Genomen in 13,7 Sekunden, mit einem Speicherbedarf von 78 MB auf einem 2,4GHz Linux Desktop-Computer. MUMmer kann auch unvollständige Genome alignen, es kann mit hunderten oder tausenden von sequenzierten Bereichen leicht umgehen, wie sie im Shotgun-Sequencing-Verfahren anfallen. Über das mitgelieferte Programm NUCmer sind Vergleiche zwischen zwei solcher Mengen von Sequenzen unterstützt. Sind die Spezies zu divergierend, dann kann das Programm PROCmer Alignments bestimmen, die auf den six-frame-Translationen beider Input-Sequenzen basieren.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with-format::TODO, Unterstützt Formate: Reiner Text, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu mummer

• dep: gawk

  GNU awk, eine Mustererkennungs- und Verarbeitungssprache

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	648,7 kB	3.321,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	625,1 kB	3.153,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	617,5 kB	3.092,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	614,6 kB	2.868,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	654,1 kB	3.304,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	655,4 kB	3.535,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	652,7 kB	3.360,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	659,9 kB	4.086,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	628,2 kB	3.309,0 kB	[Liste der Dateien]