Paket: last-align (1179-1 und andere)

[ Quellcode: last-align  ]

Vergleich biologischer Sequenzen für Genome

LAST ist eine Software für den Vergleich und die Alignierung von Sequenzen, in der Regel DNA- oder Protein-Sequenzen. LAST ähnelt BLAST, kommt jedoch besser mit sehr großen Mengen an Sequenzdaten zurecht. Hier sind zwei Dinge, die LAST gut beherrscht:

 * Vergleich großer Genome (z.B. von Säugetieren).
 * Kartierung viele Sequenz-Markierungen auf einem Genom.

Die wichtigste technische Neuerung ist, dass LAST erste Übereinstimmungen auf der Grundlage ihrer Vielfachheit findet, anstatt eine feste Größe zu verwenden (z.B. verwendet BLAST 10-mere). Dies ermöglicht es, Markierungen (Tags) ohne wiederholte Maskierung (repeat-masking) auf Genome anzuwenden, ohne durch wiederholte Treffer überschüttet zu werden. Um diese Übereinstimmungen variabler Größe zu finden, verwendet es ein von Vmatch inspiriertes Suffix-Array. Um eine hohe Empfindlichkeit zu erreichen, verwendet LAST ein nicht zusammenhängendes Suffix-Array, analog zu »spaced seeds«.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu last-align

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, i386, mipsel]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• rec: python3

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

• rec: python3-pil

  Python3-Bildbearbeitungsbibliothek

last-align herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1179-1+b1	1.826,5 kB	21.262,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1179-1+b1	751,8 kB	3.742,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1179-1+b1	682,4 kB	3.778,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1179-1+b1	679,5 kB	2.910,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1179-1+b1	3.016,0 kB	29.262,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1179-1+b1	798,0 kB	4.606,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	1179-1+b1	732,3 kB	4.556,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1179-1+b1	843,7 kB	4.850,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1179-1+b1	775,4 kB	4.234,0 kB	[Liste der Dateien]