Package: t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1) [debports]
Links for t-coffee
Debian Resources:
Download Source Package :
Not foundMaintainers:
External Resources:
- Homepage [www.tcoffee.org]
Similar packages:
Flersekvensjustering
T-Coffee er en pakke for flersekvensjustering. Givet et sæt af sekvenser (proteiner eller DNA) opretter T-Coffee en flersekvensjustering. Version 2.00 og højere kan mikse sekvenser og strukturer.
T-Coffee tillader kombinationen af flere/parvise, globale eller lokale justeringer i en enkel model. Programmet kan også estimere konsistensniveauet for hver placering i den nye justering med resten af justeringen. Se pre-print for yderligere information.
T-Coffee har en variant kaldet M-Coffee som gør det muligt at kombinere uddata af mange flersekvensjusteringspakker. I sin udgivet version bruger den MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA og T-Coffee. En speciel version er blevet lavet for Debian, DM-Coffee, som kun bruger frie programmer ved at erstatte Clustal W med Kalign. Brug af 8 Methods for M-Coffee kan undertiden være ret tungt. Du kan bruge et undersæt af dine favoritmetoder, hvis du foretrækker dette.
Other Packages Related to t-coffee
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- rec: amap-align
- Proteinflerjustering af sekvensudglødning
-
- rec: clustalo
- Alment sekvenssammenligningsprogram for proteiner
-
- rec: clustalw
- Global nukleotid eller peptid sekvensjustering
-
- rec: dialign-tx
- Segmentbaseret flersekvensjustering
-
- rec: fsa
- Hurtig statistisk sammenligning af protein-, RNA- eller DNA-sekvenser
-
- rec: kalign
- Global og progressiv flersekvensjustering
-
- rec: libsoap-lite-perl
- Perlimplementering af en SOAP-klient og -server
-
- rec: libxml-simple-perl
- Perlmodul for læsning og skrivning af XML
-
- rec: mafft
- Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser
-
- rec: muscle
- Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser
-
- rec: mustang
- strukturel justering på flere måder af proteiner
-
- rec: ncbi-blast+
- Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer
-
- rec: poa
- Partial Order Alignment for flere sekvenssammenligninger
-
- rec: prank
- Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
-
- rec: probcons
- flersekvens-sammenstilling baseret på probabilistisk konsistens (PROBabilistic CONSistency)
-
- rec: proda
- multi-sammenligning af protein-sekvenser
-
- rec: tm-align
- Strukturel sammenligning af proteiner
-
- sug: boxshade
- Pæn udskrift af flere sekvensersammenstillinger
-
- sug: seaview
- Grænseflade til flere platforme for sekvenssammenligning og fylogeni
-
- sug: t-coffee-examples
- Annoterede eksempler for brug af T-Coffee
Download t-coffee
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|
sparc64 (unofficial port) | 835.5 kB | 3,150.0 kB | [list of files] |