Package: fsa (1.15.9+dfsg-6) [debports]

[ Source:  ]

Hurtig statistisk sammenligning af protein-, RNA- eller DNA-sekvenser

FSA er en probabilistisk multipel sekvenssammenligningsalgoritme, der anvender en »afstandsbaseret« tilgang til at tilpasse homologe protein-, RNA- eller DNA-sekvenser. Meget lig afstandsbaserede fylogenetiske genopbygningsmetoder som nabosammenføjning der bygger en fylogeni, der kun bruger parvis divergensestimater, så bygger FSA multiple sammenligninger, der kun bruger parvis skøn over homologi. Dette er gjort muligt ved sekvensannealingsteknik til konstruktion af en multipel sammenligning fra parvise sammenligninger, der er udviklet af Ariel Schwartz.

FSA bringer de høje nøjagtigheder tidligere kun tilgængelig for analyser i mindre skala af proteiner eller RNA'er til store problemer såsom sammenligning af tusindvis af sekvenser eller megabase-lange sekvenser. FSA introducerer flere nye metoder til at konstruere bedre sammenligninger:

 * FSA anvender maskinindlæringsteknikker til at estimere hul- og
   substitutionsparametre i farten for hvert sæt af inddatasekvenser.
   Denne »forespørgslesspecifikke lærings«-sammenligningsmetode gør FSA
   meget robust: Programmet kan producere overlegne sammenligninger af
   sæt af homologe sekvenser,  som er underlagt meget forskellige
   evolutionære begrænsninger.
 * FSA er i stand til at tilpasse hundredvis eller endda tusindvis af
   sekvenser ved anvendelse af en vilkårlig inferensalgoritme til at
   reducere den beregningsmæssige omkostning ved multiple sammenligning.
   Denne vilkårlig følgeslutning kan være over ti gange hurtigere end en
   direkte tilgang med ringe tab af nøjagtighed.
 * FSA kan hurtigt sammenligne meget lange sekvenser under anvendelse af
   »ankerudtrækningsteknikker« for løsning af ankre og projektering af
   dem med transitiv forankring. Programmet »syr« derefter sammenligningen
   sammen mellem ankrene under anvendelse af de ovenfor beskrevne metoder.
 * Den medfølgende grafiske brugerflade, MAD (Multiple Alignment Display),
   kan vise mellemliggende sammenligninger fremstillet af FSA, hvor hver
   karakter er farvet i henhold til sandsynligheden for, at det er korrekt
   sammenlignet.

Other Packages Related to fsa

• dep: exonerate

  generisk værktøj til parvis sekvenssammenligning

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: mummer

  Effektiv sekvensjustering for hele genomer

• rec: med-config (>= 2.1)

  Debian Med - generel konfigurationspakke

Download fsa

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
sparc64 (unofficial port)	541.2 kB	3,981.0 kB	[list of files]