Pakiet: t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1) [debports]
Odnośniki dla t-coffee
Zasoby systemu Debian:
Pobieranie pakietu źródłowego :
Nie znalezionoOpiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [www.tcoffee.org]
Podobne pakiety:
Wielosekwencyjne wyrównanie
T-Coffee jest pakietem do wielosekwencyjnego wyrównania. Generuje wiele sekwencji wyrównania z zestawu sekwencji białka lub DNA.
T-Coffee pozwala na kombinację zbiorów złożonych z wielu par, globalne lub lokalne wyrównania w pojedynczym modelu. Umożliwia także oszacowywanie poziomu spójności każdej pozycji w nowym wyrównaniu z resztą wyrównań. Aby uzyskać więcej informacji, należy zapoznać się z przedrukami dokumentacji.
T-Coffee zawiera specjalny dodatek o nazwie M-Coffee, który umożliwia połączenie danych wyjściowych z wielu pakietów wielosekwencyjnych wyrównań. W opublikowanej wersji używa: MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA i T-Coffee. Specjalna wersja stworzona do Debiana, DM-Coffee, korzysta tylko z wolnego oprogramowania, zastępując Clustal W przez Kalign. Korzystanie z tych 8 metod z M-Coffee może być nieco trudne. Można również używać ulubionego podzbioru metod.
Inne pakiety związane z t-coffee
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- rec: amap-align
- Wielokrotne wyrównywanie białek poprzez sekwencyjne wyżarzanie
-
- rec: clustalo
- General-purpose multiple sequence alignment program for proteins
-
- rec: clustalw
- global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
-
- rec: dialign-tx
- Segment-based multiple sequence alignment
-
- rec: fsa
- Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences
-
- rec: kalign
- Globalne i progresywne dopasowywanie wielu sekwencji
-
- rec: libsoap-lite-perl
- Perl implementation of a SOAP client and server
-
- rec: libxml-simple-perl
- Perl module for reading and writing XML
-
- rec: mafft
- Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
-
- rec: muscle
- Multiple alignment program of protein sequences
-
- rec: mustang
- Wielokrotne strukturalne dopasowanie białek
-
- rec: ncbi-blast+
- next generation suite of BLAST sequence search tools
-
- rec: poa
- Partial Order Alignment for multiple sequence alignment
-
- rec: prank
- Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
-
- rec: probcons
- PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
-
- rec: proda
- Wielokrotne wyrównywanie sekwencji białkowych
-
- rec: tm-align
- Strukturalne dopasowywanie białek
-
- sug: boxshade
- Pretty-printing of multiple sequence alignments
-
- sug: seaview
- Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny
-
- sug: t-coffee-examples
- annotated examples for the use of T-Coffee
Pobieranie t-coffee
Architektura | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|
sparc64 (port nieoficjalny) | 835,5 KiB | 3 150,0 KiB | [lista plików] |