Package: t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1) [debports]
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- Homepage [www.tcoffee.org]
Similar packages:
allineamento di sequenze multiple
T-Coffee è un pacchetto per allineamenti di sequenze multiple. Dato un insieme di sequenze (proteiche o di DNA), T-Coffee genera un allineamento di sequenze multiple. La versione 2.00 e le successive possono mescolare sequenze e strutture.
T-Coffee permette di combinare una raccolta di allineamenti multipli/di coppie, globali o locali, in un singolo modello. Permette anche di stimare il livello di coerenza di ogni posizione all'interno del nuovo allineamento rispetto agli altri allineamenti. Si veda pre-print per maggiori informazioni.
T-Coffee ha una versione speciale, che si chiama M-Coffee, che rende possibile combinare l'output di molti pacchetti di allineamento di sequenze multiple. Nella sua versione pubblicata, usa MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA e T-Coffee. Per Debian è stata creata una versione speciale, DM-Coffee, che usa solo software libero rimpiazzando Clustal W con Kalign. Usare gli 8 metodi forniti da M-Coffee può a volte essere un po' pesante; se si preferisce si può usare un sottoinsieme con i propri metodi preferiti.
Other Packages Related to t-coffee
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- rec: amap-align
- allineamenti multipli di proteine con appaiamento di sequenze
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- rec: clustalo
- programma generico di allineamento di sequenze multiple per proteine
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- rec: clustalw
- allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi
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- rec: dialign-tx
- allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
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- rec: fsa
- allineamento statistico veloce di proteine, sequenze di DNA e RNA
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- rec: kalign
- allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi
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- rec: libsoap-lite-perl
- implementazione Perl di client e server SOAP
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- rec: libxml-simple-perl
- modulo Perl per leggere e scrivere XML
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- rec: mafft
- programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche
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- rec: muscle
- programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
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- rec: mustang
- allineamento strutturale multiplo di proteine
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- rec: ncbi-blast+
- suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST
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- rec: poa
- Partial Order Alignment per allineamenti multipli di sequenza
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- rec: prank
- kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi
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- rec: probcons
- allineamenti multipli di sequenze probabilistici basati sulla coerenza
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- rec: proda
- allineamento multiplo di sequenze proteiche
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- rec: tm-align
- allineamento strutturale di proteine
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- sug: boxshade
- belle stampe di allineamenti multisequenza
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- sug: seaview
- interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia
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- sug: t-coffee-examples
- esempi con annotazioni sull'uso di T-Coffee
Download t-coffee
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
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sparc64 (unofficial port) | 835.5 kB | 3,150.0 kB | [list of files] |