Package: skesa (2.4.0-6 and others)

[ Source: skesa  ]

Strategisk Kmer-udvidelse for scrupulous-samlinger

SKESA er en DeBruijn-grafbaseret de-novo-samler designet for samling af læsninger af mikrobiologiske genomsekvenser via Illuminia. Sammenligning med SPAdes og MegaHit viser, at SKESA udarbejder samlinger, der har høj sekvenskvalitet og sammenhæng, håndterer forurening på lavt niveau i læsninger, er hurtig og producerer en identisk samling med de samme data, når den samles flere gange med den samme eller forskellige beregnede ressourcer. SKESA er blevet brugt til samling af over 272.000 læste sæt i Sequence Read Archive hos NCBI og til realtids patogen registrering.

Other Packages Related to skesa

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [not x32]

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [not x32]

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libboost-timer1.83.0 (>= 1.83.0) [not x32]

  C++-vægur og tidsmåler for CPU-processer

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libncbi-vdb2 (>= 2.11.2+dfsg) [x32]

  Package not available

• dep: libncbi-vdb3 (>= 3.0.2+dfsg) [not x32]

  Biblioteker for brug af data i INSDC Sequence Read Archives

• dep: libngs-c++3 (>= 3.0.3+dfsg) [not x32]

  Next Generation Sequencing-sprogbindinger - C++-kørselstid

• dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [x32]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [amd64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [x32]

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download skesa

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.4.0-6+b2	558.0 kB	2,350.0 kB	[list of files]
arm64	2.4.0-6+b3	568.5 kB	2,230.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.4.0-4	631.9 kB	2,448.0 kB	[list of files]