Пакунок: skesa (2.4.0-6 and others)

[ Source: skesa  ]

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies

SKESA is a DeBruijn graph-based de-novo assembler designed for assembling reads of microbial genomes sequenced using Illumina. Comparison with SPAdes and MegaHit shows that SKESA produces assemblies that have high sequence quality and contiguity, handles low-level contamination in reads, is fast, and produces an identical assembly for the same input when assembled multiple times with the same or different compute resources. SKESA has been used for assembling over 272,000 read sets in the Sequence Read Archive at NCBI and for real-time pathogen detection.

Інші пакунки пов'язані з skesa

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [not x32]

  Бібліотека Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [not x32]

  Бібліотека параметрів програми на Сі++

• dep: libboost-timer1.83.0 (>= 1.83.0) [not x32]

  C++ wall clock and CPU process timers

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libncbi-vdb2 (>= 2.11.2+dfsg) [x32]

  Пакунок недоступний

• dep: libncbi-vdb3 (>= 3.0.2+dfsg) [not x32]

  libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives

• dep: libngs-c++3 (>= 3.0.3+dfsg) [not x32]

  Next Generation Sequencing language Bindings (C++ runtime)

• dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [x32]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [amd64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [x32]

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити skesa

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	2.4.0-6+b2	558.0 kB	2,350.0 kB	[список файлів]
arm64	2.4.0-6+b3	568.5 kB	2,230.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	2.4.0-4	631.9 kB	2,448.0 kB	[список файлів]