Package: ncbi-blast+ (2.12.0+ds-3 and others)

[ Source: ncbi-blast+  ]

Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) er det mest udbredte sekvenssammenligningsværktøj. Der er versioner af BLAST som sammenligner proteinforespørgsler med proteindatabaser, nukleotide forespørgsler med nukleotide databaser samt versioner som oversætter nukleotide forepørgsler eller databaser i alle seks rammer og sammenligner med proteindatabaser eller forespørgsler. PSI-BLAST fremstiller en position-specifik-bedømmelse-matrix (PSSM) der starter med en proteinforespørgsel, og bruger så PSSM til at udføre yderligere søgninger. Det er også muligt at sammenligne en protein- eller nukleotidforespørgsel med en database med PSSM'er. NCBI'en understøtter en BLAST-hjemmeside på blast.ncbi-nlm.nih.gov samt en netværkstjeneste.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to ncbi-blast+

• dep: libbz2-1.0

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.33)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: liblmdb0 (>= 0.9.7)

  Lightning Memory-Mapped Database - delt bibliotek

• dep: libmbedcrypto7 (>= 2.28.0)

  Simpelt crypto- og SSL/TLS-bibliotek - crypto-bibliotek

• dep: libmbedtls14 (>= 2.28.0)

  Simpelt crypto- og SSL/TLS-bibliotek - tls-bibliotek

• dep: libpcre3

  Ældre Perl 5-kompatibelt regulært udtryksbibliotek - kørselstidsfiler

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: ncbi-data

  Platformsuafhængige data for NCBI-værktøjssættet

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• enh: t-coffee

  Flersekvensjustering

Download ncbi-blast+

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.12.0+ds-3+b1	11,644.2 kB	50,560.0 kB	[list of files]
arm64	2.12.0+ds-3+b1	10,667.5 kB	49,066.0 kB	[list of files]
armel	2.12.0+ds-3+b1	9,767.0 kB	41,076.0 kB	[list of files]
armhf	2.12.0+ds-3+b1	10,020.6 kB	33,972.0 kB	[list of files]
i386	2.12.0+ds-3+b1	12,566.7 kB	49,759.0 kB	[list of files]
mips64el	2.12.0+ds-3+b1	8,641.6 kB	56,123.0 kB	[list of files]
mipsel	2.12.0+ds-3+b1	8,748.4 kB	55,228.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.12.0+ds-3+b1	11,749.7 kB	61,741.0 kB	[list of files]
s390x	2.12.0+ds-3+b1	10,451.1 kB	50,676.0 kB	[list of files]