Пакунок: hhsuite (3.3.0+ds-8 and others)

[ Source: hhsuite  ]

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).

This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.

HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise alignments for homology modeling.

HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST, HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate alignments.

Інші пакунки пов'язані з hhsuite

• dep: ffindex (>= 0.9.9.8) [hppa, ppc64, sparc64]

  simple index/database for huge amounts of small files

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-2) [hppa, ppc64, sparc64]

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)

  dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-8) [not hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, hppa, ia64, loong64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not hppa, ia64, m68k, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Завантажити hhsuite

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	3.3.0+ds-8+b2	10,368.1 kB	80,139.0 kB	[список файлів]
amd64	3.3.0+ds-8+b3	54,887.1 kB	467,536.0 kB	[список файлів]
arm64	3.3.0+ds-8+b3	10,178.6 kB	78,199.0 kB	[список файлів]
armel	3.3.0+ds-8+b3	10,207.3 kB	78,814.0 kB	[список файлів]
armhf	3.3.0+ds-8+b3	10,184.7 kB	76,894.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	3.3.0+ds-2	10,281.4 kB	77,679.0 kB	[список файлів]
i386	3.3.0+ds-8+b3	72,026.3 kB	627,315.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	3.3.0+ds-8	24,380.8 kB	86,383.0 kB	[список файлів]
loong64 (unofficial port)	3.3.0+ds-8+b2	10,264.1 kB	78,391.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	3.3.0+ds-8+b2	10,239.6 kB	78,262.0 kB	[список файлів]
mips64el	3.3.0+ds-8+b3	10,102.3 kB	79,713.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	3.3.0+ds-2	10,250.3 kB	79,324.0 kB	[список файлів]
ppc64el	3.3.0+ds-8+b3	10,358.9 kB	80,055.0 kB	[список файлів]
riscv64	3.3.0+ds-8+b4	10,372.7 kB	76,451.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	3.3.0+ds-8+b2	10,543.0 kB	79,017.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	3.3.0+ds-2	10,110.0 kB	77,955.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	3.3.0+ds-8+b2	10,491.7 kB	78,402.0 kB	[список файлів]