Paquet : hhsuite (3.3.0+ds-8 et autres)

[ Paquet source : hhsuite  ]

recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

HH-suite est un logiciel au code source ouvert pour la recherche de séquences de protéines basé sur l’alignement par paire de modèles de Markov cachés (HMM).

Ce paquet fournit HHsearch et HHblits parmi d’autres programmes et utilitaires.

HHsearch prend en entrée un alignement de plusieurs séquences (MSA) ou de HMM de profil et recherche dans une base de données d’HMM (par exemple, PDB, Pfam ou InterPro) pour des protéines homologues. HHsearch est souvent utilisé pour la prédiction de structure de protéines pour détecter des modèles homologues et pour construire des alignements par paire précis de modèle de requête pour la modélisation d’homologie.

HHblits peut construire des MSA de haute qualité à partir d’une seule séquence ou de plusieurs. Il les transforme en HMM de requête et, en utilisant une stratégie de requêtes itératives, ajoute des séquences significativement semblables de la recherche précédente pour l’HMM de requête mis à jour pour la prochaine itération de recherche. Comparé à PSI-BLAST, HHblits est plus rapide, jusqu’à deux fois plus sensible et produit des alignements plus précis.

Autres paquets associés à hhsuite

• dep: ffindex (>= 0.9.9.8) [hppa, ppc64, sparc64]

  index/base de données simple pour d'énormes quantités de petits fichiers

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-2) [hppa, ppc64, sparc64]

  recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM – données

  dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-8) [non hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non hppa, ia64, m68k, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

Télécharger hhsuite

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	3.3.0+ds-8+b2	10 368,1 ko	80 139,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	3.3.0+ds-8+b2	55 002,4 ko	467 536,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.3.0+ds-8+b2	10 178,5 ko	78 135,0 ko	[liste des fichiers]
armel	3.3.0+ds-8+b2	10 208,2 ko	78 878,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	3.3.0+ds-8+b2	10 166,5 ko	76 894,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	3.3.0+ds-2	10 281,4 ko	77 679,0 ko	[liste des fichiers]
i386	3.3.0+ds-8+b2	72 056,8 ko	627 283,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	3.3.0+ds-8	24 380,8 ko	86 383,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	3.3.0+ds-8+b2	10 239,6 ko	78 262,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3.3.0+ds-8+b2	10 106,4 ko	79 713,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	3.3.0+ds-2	10 250,3 ko	79 324,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3.3.0+ds-8+b2	10 355,8 ko	80 055,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3.3.0+ds-8+b3	10 370,6 ko	76 447,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	3.3.0+ds-8+b2	10 543,0 ko	79 017,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	3.3.0+ds-2	10 110,0 ko	77 955,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	3.3.0+ds-8+b2	10 491,7 ko	78 402,0 ko	[liste des fichiers]