Package: hhsuite (3.3.0+ds-7 and others)

[ Source: hhsuite  ]

Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning

HH-suite er en programpakke, udviklet i åben kildekode, for sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på parvis sammenligning af skjulte Markov-modeller (HMM'er).

Denne pakke indeholder HHsearch og HHblits blandt andre programmer og redskaber.

HHsearch bruger som inddata flere sekvenssammenligninger (MSA) eller profil-HMM og søger i en database med HMM'er (f.eks. PDB, Pfam eller InterPro) for homologe proteriner. HHserarch bruges ofte for proteinstrukturforudsigelse til at detektere homologe skabeloner og til at bygge meget præcise forespørgsels-skabelon parvise sammenligninger for homolog modellering.

HHblits kan bygge højkvalitets MSA'er der starter fra enkelte sekvenser eller fra MSA'er. Den transformerer disse til en forespørgsels-HMM og via en iterativ søgningsstrategi tilføjes signifikant lignende sekvenser fra den forrige søgning til den opdaterede forespørgsels-HMM for den næste søgeiteration. Sammenlignet med PSI-BLAST er HHblits hurtigere, op til dobbelt så sensitiv og programmet laver mere præcise sammenligninger.

Other Packages Related to hhsuite

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-7)

  Sensitiv protein-sekvenssøgning baseret på HMM-HMM-justering - data

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, ppc64el]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Download hhsuite

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3.3.0+ds-7+b2	53,731.8 kB	463,608.0 kB	[list of files]
arm64	3.3.0+ds-7+b2	10,128.8 kB	77,559.0 kB	[list of files]
armel	3.3.0+ds-7+b2	10,126.1 kB	77,258.0 kB	[list of files]
armhf	3.3.0+ds-7+b2	10,098.7 kB	75,382.0 kB	[list of files]
i386	3.3.0+ds-7+b2	72,245.8 kB	622,859.0 kB	[list of files]
mips64el	3.3.0+ds-7+b2	10,104.0 kB	79,801.0 kB	[list of files]
mipsel	3.3.0+ds-7+b2	10,126.4 kB	79,781.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.3.0+ds-7+b2	10,315.4 kB	79,735.0 kB	[list of files]