Package: hhsuite (3.0~beta3+dfsg-3)

[ Source: hhsuite  ]

Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning

HH-suite er en programpakke, udviklet i åben kildekode, for sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på parvis sammenligning af skjulte Markov-modeller (HMM'er).

Denne pakke indeholder HHsearch og HHblits blandt andre programmer og redskaber.

HHsearch bruger som inddata flere sekvenssammenligninger (MSA) eller profil-HMM og søger i en database med HMM'er (f.eks. PDB, Pfam eller InterPro) for homologe proteriner. HHserarch bruges ofte for proteinstrukturforudsigelse til at detektere homologe skabeloner og til at bygge meget præcise forespørgsels-skabelon parvise sammenligninger for homolog modellering.

HHblits kan bygge højkvalitets MSA'er der starter fra enkelte sekvenser eller fra MSA'er. Den transformerer disse til en forespørgsels-HMM og via en iterativ søgningsstrategi tilføjes signifikant lignende sekvenser fra den forrige søgning til den opdaterede forespørgsels-HMM for den næste søgeiteration. Sammenlignet med PSI-BLAST er HHblits hurtigere, op til dobbelt så sensitiv og programmet laver mere præcise sammenligninger.

Other Packages Related to hhsuite

• dep: ffindex (>= 0.9.9.8)

  Simpelt indeks/database for store mængder af små filer

• dep: hhsuite-data (= 3.0~beta3+dfsg-3)

  Sensitiv protein-sekvenssøgning baseret på HMM-HMM-justering - data

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libffindex0 (>= 0.9.9.9)

  Simpelt indeks/database for store mængder af små filer

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

Download hhsuite

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,007.9 kB	7,803.0 kB	[list of files]