Paket: hhsuite (3.3.0+ds-8 und andere)

[ Quellcode: hhsuite  ]

Sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf HMM-HMM-Alignment

HH-suite ist ein quelloffenes Softwarepaket für sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf paarweisen Alignments von Hidden-Markov-Modellen (HMMe).

Dieses Paket enthält HHsearch, HHblits sowie weitere Programme und Hilfswerkzeuge.

HHsearch akzeptiert als Eingabe ein multiples Sequenzalignment (MSA) oder Profil-HMM und durchsucht eine HMM-Datenbank (z.B. PDB, Pfam oder InterPRo) nach homologen Proteinen. HHsearch wird oft bei Proteinstrukturvorhersagen verwendet, um homologe Matrizen (Templates) zu erkennen und hochakkurate paarweise Alignments mit Abfrage-Matrizen für Homology Modelling zu erstellen.

HHblits kann hochqualitative MSAs aus einzelnen Sequenzen oder aus MSAs erstellen. Es transformiert diese in ein Abfrage-HMM und fügt der aktualisierten Abfrage-HMM - mittels iterativer Suche - signifikant ähnliche Sequenzen der vorherigen Suche hinzu, um diese bei der nächsten Suchiteration zu verwenden. HHblits ist verglichen mit PSI-BLAST schneller, bis zu doppelt so sensibel und erstellt genauere Alignments.

Andere Pakete mit Bezug zu hhsuite

• dep: ffindex (>= 0.9.9.8) [hppa, ppc64, sparc64]

  simple index/database for huge amounts of small files

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-2) [hppa, ppc64, sparc64]

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)

  dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-8) [nicht hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht hppa, ia64, m68k, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

hhsuite herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	3.3.0+ds-8+b2	10.368,1 kB	80.139,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	3.3.0+ds-8+b2	55.002,4 kB	467.536,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	3.3.0+ds-8+b2	10.178,5 kB	78.135,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	3.3.0+ds-8+b2	10.208,2 kB	78.878,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	3.3.0+ds-8+b2	10.166,5 kB	76.894,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	3.3.0+ds-2	10.281,4 kB	77.679,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	3.3.0+ds-8+b2	72.056,8 kB	627.283,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	3.3.0+ds-8	24.380,8 kB	86.383,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	3.3.0+ds-8+b2	10.239,6 kB	78.262,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	3.3.0+ds-8+b2	10.106,4 kB	79.713,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	3.3.0+ds-2	10.250,3 kB	79.324,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	3.3.0+ds-8+b2	10.355,8 kB	80.055,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	3.3.0+ds-8+b3	10.370,6 kB	76.447,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	3.3.0+ds-8+b2	10.543,0 kB	79.017,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	3.3.0+ds-2	10.110,0 kB	77.955,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	3.3.0+ds-8+b2	10.491,7 kB	78.402,0 kB	[Liste der Dateien]