Package: velvet (1.2.10+dfsg1-8)

[ Source: velvet  ]

Sekvens-assembler for nukleinsyre til meget korte læsninger

Velvet er en »de novo«-genomisk assembler som er specielt designet for teknologier til kort læsning, såsom Solexa eller 454, udviklet af Daniel Zerbino og Ewan Birney ved European Bioinformatics Institue (EMBL-EBI), nær Cambridge, i Storbritannien.

Velvet kan i øjeblikket tage korte læsesekvenser, fjerner fejl og fremstiller dernæst unikke »contig'er« i høj kvalitet. Det anvender derefter parvis læseinformation, hvis tilgængelig, til at indhente de gentagne områder mellem contig'erne.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Purpose: Analysing

Other Packages Related to velvet

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: velvet-example

  Eksempeldata for sekvensassembleren Velvet

Download velvet

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	658.0 kB	1,256.0 kB	[list of files]
arm64	637.2 kB	1,333.0 kB	[list of files]
armel	655.1 kB	1,459.0 kB	[list of files]
armhf	638.3 kB	1,075.0 kB	[list of files]
i386	685.9 kB	1,453.0 kB	[list of files]
mips64el	654.7 kB	1,511.0 kB	[list of files]
mipsel	675.5 kB	1,632.0 kB	[list of files]
ppc64el	667.2 kB	1,589.0 kB	[list of files]
s390x	642.5 kB	1,301.0 kB	[list of files]