Package: velvet (1.2.10+dfsg1-5)

[ Source: velvet  ]

Sekvens-assembler for nukleinsyre til meget korte læsninger

Velvet er en »de novo«-genomisk assembler som er specielt designet for teknologier til kort læsning, såsom Solexa eller 454, udviklet af Daniel Zerbino og Ewan Birney ved European Bioinformatics Institue (EMBL-EBI), nær Cambridge, i Storbritannien.

Velvet kan i øjeblikket tage korte læsesekvenser, fjerner fejl og fremstiller dernæst unikke »contig'er« i høj kvalitet. Det anvender derefter parvis læseinformation, hvis tilgængelig, til at indhente de gentagne områder mellem contig'erne.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Purpose: Analysing

Other Packages Related to velvet

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armhf, i386]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: velvet-example

  Eksempeldata for sekvensassembleren Velvet

Download velvet

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	668.3 kB	1,302.0 kB	[list of files]
arm64	635.6 kB	1,190.0 kB	[list of files]
armhf	649.0 kB	1,070.0 kB	[list of files]
i386	694.7 kB	1,494.0 kB	[list of files]