Paquet : ncbi-blast+ (2.12.0+ds-3 et autres)

[ Paquet source : ncbi-blast+  ]

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) est l'outil de similarité de séquences le plus répandu. Il existe des versions de BLAST qui comparent des séquences-test de protéine à des bases de données de protéines, des séquences-test de nucléotide à des bases de données de nucléotides, ainsi que des versions qui traduisent des séquences-test ou des bases de données de nucléotides dans tous les six cadres de lecture et les comparent à des bases de données de protéines ou à des séquences-test. PSI-BLAST produit une matrice de similarité d’alignement (PSSM — position-specific-scoring- matrix) à partir d’une séquence-test de protéine, puis utilise cette PSSM pour effectuer des recherches complémentaires. Il est aussi possible de comparer une séquence-test de protéine ou de nucléotide à une base de données de PSSM. NCBI gère une page web pour BLAST sur blast.ncbi.nlm.nih.gov ainsi qu'un service réseau.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, But: use::analysing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à ncbi-blast+

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.33)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: liblmdb0 (>= 0.9.7)

  bibliothèque partagée Lightning Memory-Mapped Database

• dep: libmbedcrypto7 (>= 2.28.0)

  lightweight crypto and SSL/TLS library - crypto library

• dep: libmbedtls14 (>= 2.28.0)

  lightweight crypto and SSL/TLS library - tls library

• dep: libpcre3

  ancienne bibliothèque d'expressions rationnelles compatible Perl 5 –⋅fichiers exécutables

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: ncbi-data

  données indépendantes de la plateforme pour le kit de développement du NCBI

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)

  Bibliothèque de compression - binaires

• enh: t-coffee

  alignement multiple de séquences

Télécharger ncbi-blast+

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.12.0+ds-3+b1	11 644,2 ko	50 560,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.12.0+ds-3+b1	10 667,5 ko	49 066,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.12.0+ds-3+b1	9 767,0 ko	41 076,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.12.0+ds-3+b1	10 020,6 ko	33 972,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.12.0+ds-3+b1	12 566,7 ko	49 759,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.12.0+ds-3+b1	8 641,6 ko	56 123,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	2.12.0+ds-3+b1	8 748,4 ko	55 228,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.12.0+ds-3+b1	11 749,7 ko	61 741,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.12.0+ds-3+b1	10 451,1 ko	50 676,0 ko	[liste des fichiers]