Пакет: ncbi-blast+ (2.12.0+ds-3 и другие)

[ Источник: ncbi-blast+  ]

поиск первичных биологических последовательностей

Популярная программа для поиска гомологичных последовательностей. Есть варианты BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), которые сравнивают нуклеотидные последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков, есть, которые сравнивают аминокислотные последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков, а также есть варианты способные транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные и потом выполнять поиск по соответствующим базам. PSI-BLAST создаёт PSSM (Position Specific Scoring Matrix) при поиске белковых гомологов и использует её для дальнейших поисков. Можно также выполнять поиск белков и нуклеотидов по базе данных PSSM. NCBI поддерживает веб-страницу BLAST по адресу blast.ncbi.nlm.nih.gov, а также сетевой сервис поиска известных последовательностей.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Роль: Программа, Цель: use::analysing, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к ncbi-blast+

• dep: libbz2-1.0

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.33)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: liblmdb0 (>= 0.9.7)

  Lightning Memory-Mapped Database shared library

• dep: libmbedcrypto7 (>= 2.28.0)

  lightweight crypto and SSL/TLS library - crypto library

• dep: libmbedtls14 (>= 2.28.0)

  lightweight crypto and SSL/TLS library - tls library

• dep: libpcre3

  устаревшая библиотека поддержки регулярных выражений, совместимых с Perl5 — файлы времени исполнения

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: ncbi-data

  Platform-independent data for the NCBI toolkit

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)

  библиотека сжатия

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Загрузка ncbi-blast+

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.12.0+ds-3+b1	11 644,2 Кб	50 560,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.12.0+ds-3+b1	10 667,5 Кб	49 066,0 Кб	[список файлов]
armel	2.12.0+ds-3+b1	9 767,0 Кб	41 076,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.12.0+ds-3+b1	10 020,6 Кб	33 972,0 Кб	[список файлов]
i386	2.12.0+ds-3+b1	12 566,7 Кб	49 759,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.12.0+ds-3+b1	8 641,6 Кб	56 123,0 Кб	[список файлов]
mipsel	2.12.0+ds-3+b1	8 748,4 Кб	55 228,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.12.0+ds-3+b1	11 749,7 Кб	61 741,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.12.0+ds-3+b1	10 451,1 Кб	50 676,0 Кб	[список файлов]