Пакет: kleborate (2.4.1-4 и други)

[ Източник: kleborate  ]

tool to screen Klebsiella genome assemblies

Kleborate is a tool to screen Klebsiella genome assemblies for:

 * MLST sequence type
 * species (e.g. K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. variicola, etc.)
 * ICEKp associated virulence loci: yersiniabactin (ybt),
   colibactin (clb)
 * virulence plasmid associated loci: salmochelin (iro), aerobactin
   (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2)
 * antimicrobial resistance genes, including quinolone resistance SNPs
   and colistin resistance truncations
 * K (capsule) and O antigen (LPS) serotype prediction, via wzi alleles
   and Kaptive

Други пакети, свързани с kleborate

• dep: kaptive

  obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies

• dep: kaptive-data

  reference data for kaptive for Klebsiella genome assemblies

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-distutils [m68k]

  Пакетът не е наличен

• dep: python3-pkg-resources [не alpha, m68k, ppc64]

  Package Discovery and Resource Access using pkg_resources

Изтегляне на kleborate

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	2.4.1-3	7 558,8 кБ	62 170,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	2.4.1-4	7 561,0 кБ	62 182,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.4.1-4	7 557,7 кБ	62 182,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	2.1.0-2	7 518,1 кБ	61 504,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.4.1-4	7 562,7 кБ	62 182,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.4.1-3	7 555,3 кБ	62 001,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.4.1-4	7 562,4 кБ	62 182,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2.4.1-4	7 561,0 кБ	62 182,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.4.1-4	7 552,9 кБ	62 013,0 кБ	[списък на файловете]