Paquet : kleborate (2.4.1-3 et autres)

[ Paquet source : kleborate  ]

tool to screen Klebsiella genome assemblies

Kleborate is a tool to screen Klebsiella genome assemblies for:

 * MLST sequence type
 * species (e.g. K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. variicola, etc.)
 * ICEKp associated virulence loci: yersiniabactin (ybt),
   colibactin (clb)
 * virulence plasmid associated loci: salmochelin (iro), aerobactin
   (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2)
 * antimicrobial resistance genes, including quinolone resistance SNPs
   and colistin resistance truncations
 * K (capsule) and O antigen (LPS) serotype prediction, via wzi alleles
   and Kaptive

Autres paquets associés à kleborate

• dep: kaptive

  obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies

• dep: kaptive-data

  données de référence pour Kaptive pour l’assemblage de génome de Klebsielles

• dep: mash

  estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-distutils [m68k]

  Paquet indisponible

Télécharger kleborate

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.4.1-3	7 558,8 ko	62 170,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.4.1-3	7 558,8 ko	62 170,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.4.1-3	7 558,8 ko	62 170,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.1.0-2	7 518,1 ko	61 504,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.4.1-3	7 558,8 ko	62 170,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.4.1-3	7 555,3 ko	62 001,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.4.1-3	7 558,8 ko	62 170,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.4.1-3	7 558,8 ko	62 170,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.4.1-3	7 555,3 ko	62 001,0 ko	[liste des fichiers]