Paket: kleborate (2.4.1-5 och andra)

[ Källkod: kleborate  ]

tool to screen Klebsiella genome assemblies

Kleborate is a tool to screen Klebsiella genome assemblies for:

 * MLST sequence type
 * species (e.g. K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. variicola, etc.)
 * ICEKp associated virulence loci: yersiniabactin (ybt),
   colibactin (clb)
 * virulence plasmid associated loci: salmochelin (iro), aerobactin
   (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2)
 * antimicrobial resistance genes, including quinolone resistance SNPs
   and colistin resistance truncations
 * K (capsule) and O antigen (LPS) serotype prediction, via wzi alleles
   and Kaptive

Andra paket besläktade med kleborate

• dep: kaptive

  obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies

• dep: kaptive-data

  reference data for kaptive for Klebsiella genome assemblies

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-distutils [m68k]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: python3-pkg-resources [ej alpha, m68k, ppc64]

  Package Discovery and Resource Access using pkg_resources

Hämta kleborate

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	2.4.1-3	7.558,8 kbyte	62.170,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	2.4.1-5	7.559,6 kbyte	62.170,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	2.4.1-5	7.559,6 kbyte	62.170,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	2.4.1-5	7.559,6 kbyte	62.170,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	2.1.0-2	7.518,1 kbyte	61.504,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	2.4.1-5	7.559,6 kbyte	62.170,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	2.4.1-3	7.555,3 kbyte	62.001,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	2.4.1-5	7.559,6 kbyte	62.170,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	2.4.1-5	7.559,6 kbyte	62.170,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	2.4.1-5	7.558,5 kbyte	62.001,0 kbyte	[filförteckning]