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binning/clustering newick trees by topology

PhyBin is a simple command line tool that classifies a set of Newick tree files by their topology. The purpose of it is to take a large set of tree files and browse through the most common tree topologies.

It can do simple binning of identical trees or more complex clustering based on an all-to-all Robinson-Foulds distance matrix.

phybin produces output files that characterize the size and contents of each bin or cluster (including generating GraphViz-based visual representations of the tree topologies).

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硬件架构 版本 软件包大小 安装后大小 文件
amd64 0.3-6 1,614.5 kB11,976.0 kB [文件列表]
arm64 0.3-6 4,125.4 kB30,322.0 kB [文件列表]
armel 0.3-6 4,407.2 kB28,552.0 kB [文件列表]
armhf 0.3-6 4,444.7 kB28,524.0 kB [文件列表]
hppa (非官方移植版) 0.3-6 4,884.4 kB57,349.0 kB [文件列表]
i386 0.3-6 4,957.4 kB37,630.0 kB [文件列表]
ia64 (非官方移植版) 0.3-6 6,913.7 kB182,517.0 kB [文件列表]
m68k (非官方移植版) 0.3-6 3,207.8 kB33,307.0 kB [文件列表]
mips64el 0.3-6 5,284.0 kB58,772.0 kB [文件列表]
ppc64 (非官方移植版) 0.3-6 3,407.6 kB45,840.0 kB [文件列表]
ppc64el 0.3-6 3,498.6 kB38,137.0 kB [文件列表]
riscv64 0.3-6+b1 4,531.3 kB31,537.0 kB [文件列表]
s390x 0.3-6 7,543.2 kB53,627.0 kB [文件列表]
sparc64 (非官方移植版) 0.3-6 4,193.3 kB74,794.0 kB [文件列表]
x32 (非官方移植版) 0.3-5+b1 9,291.3 kB38,282.0 kB [文件列表]