Пакунок: samtools (1.20-3 and others)

[ Source: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Інші пакунки пов'язані з samtools

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.20~)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Спільні бібліотеки для роботи із терміналом

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Низькорівнева колективна бібліотека „terminfo“ для роботи з терміналом

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, i386]

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Завантажити samtools

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	1.20-3	637.6 kB	1,409.0 kB	[список файлів]
arm64	1.20-3+b1	613.9 kB	1,674.0 kB	[список файлів]
armel	1.20-3	601.7 kB	1,330.0 kB	[список файлів]
armhf	1.20-3	605.0 kB	1,146.0 kB	[список файлів]
i386	1.20-3	672.3 kB	1,538.0 kB	[список файлів]
mips64el	1.20-3	615.2 kB	1,824.0 kB	[список файлів]
ppc64el	1.20-3	662.7 kB	1,929.0 kB	[список файлів]
riscv64	1.20-3	647.5 kB	1,281.0 kB	[список файлів]
s390x	1.20-3	643.8 kB	1,485.0 kB	[список файлів]