Paket: voronota (1.22.3149-2 och andra)

[ Källkod: voronota  ]

Voronoi diagram-based tool to find atom contacts

The analysis of macromolecular structures often requires a comprehensive definition of atomic neighborhoods. Such a definition can be based on the Voronoi diagram of balls, where each ball represents an atom of some van der Waals radius. Voronota is a software tool for finding all the vertices of the Voronoi diagram of balls. Such vertices correspond to the centers of the empty tangent spheres defined by quadruples of balls. Voronota is especially suitable for processing three-dimensional structures of biological macromolecules such as proteins and RNA.

Since version 1.2 Voronota also uses the Voronoi vertices to construct inter-atom contact surfaces and solvent accessible surfaces. Voronota provides tools to query contacts, generate contacts graphics, compare contacts and evaluate quality of protein structural models using contacts.

Andra paket besläktade med voronota

• dep: bsdextrautils

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.35) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [ej arm64, armel, armhf, hppa, ia64, m68k, ppc64el, s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ej arm64, riscv64]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Hämta voronota

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	1.22.3149-2	1.971,4 kbyte	12.093,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	1.22.3149-2	2.008,7 kbyte	11.396,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.22.3149-2+b1	1.938,0 kbyte	11.321,0 kbyte	[filförteckning]
armel	1.22.3149-2	1.821,0 kbyte	10.873,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	1.22.3149-2	1.845,7 kbyte	9.977,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	1.22.3149-2	1.946,6 kbyte	11.094,0 kbyte	[filförteckning]
i386	1.22.3149-2	2.104,1 kbyte	11.667,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	1.22.3149-2	2.211,0 kbyte	15.074,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	1.22.3149-2	1.800,6 kbyte	11.207,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.22.3149-2	1.881,7 kbyte	12.471,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	1.22.3149-2	2.001,4 kbyte	12.282,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.22.3149-2	2.016,5 kbyte	11.896,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	1.22.3149-2+b1	1.986,0 kbyte	10.509,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.22.3149-2	1.875,4 kbyte	11.436,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	1.22.3149-2	2.024,1 kbyte	10.807,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	1.22.3149-2	1.790,5 kbyte	12.033,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	1.22.3149-2	1.981,4 kbyte	11.063,0 kbyte	[filförteckning]