パッケージ: voronota (1.22.3149-2 など)

[ ソース: voronota  ]

Voronoi diagram-based tool to find atom contacts

The analysis of macromolecular structures often requires a comprehensive definition of atomic neighborhoods. Such a definition can be based on the Voronoi diagram of balls, where each ball represents an atom of some van der Waals radius. Voronota is a software tool for finding all the vertices of the Voronoi diagram of balls. Such vertices correspond to the centers of the empty tangent spheres defined by quadruples of balls. Voronota is especially suitable for processing three-dimensional structures of biological macromolecules such as proteins and RNA.

Since version 1.2 Voronota also uses the Voronoi vertices to construct inter-atom contact surfaces and solvent accessible surfaces. Voronota provides tools to query contacts, generate contacts graphics, compare contacts and evaluate quality of protein structural models using contacts.

その他の voronota 関連パッケージ

• dep: bsdextrautils

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.35) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [arm64, armel, armhf, hppa, ia64, m68k, ppc64el, s390x 以外]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11) [arm64, riscv64 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

voronota のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.22.3149-2	1,971.4 kB	12,093.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.22.3149-2	2,008.7 kB	11,396.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.22.3149-2+b1	1,938.0 kB	11,321.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.22.3149-2	1,821.0 kB	10,873.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.22.3149-2	1,845.7 kB	9,977.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.22.3149-2	1,946.6 kB	11,094.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.22.3149-2	2,104.1 kB	11,667.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.22.3149-2	2,211.0 kB	15,074.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.22.3149-2	1,800.6 kB	11,207.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.22.3149-2	1,881.7 kB	12,471.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.22.3149-2	2,001.4 kB	12,282.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.22.3149-2	2,016.5 kB	11,896.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.22.3149-2+b1	1,986.0 kB	10,509.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.22.3149-2	1,875.4 kB	11,436.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.22.3149-2	2,024.1 kB	10,807.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.22.3149-2	1,790.5 kB	12,033.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.22.3149-2	1,981.4 kB	11,063.0 kB	[ファイル一覧]