Пакет: stringtie (2.2.1+ds-2)

[ Источник: stringtie  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Другие пакеты, относящиеся к stringtie

• dep: libc6 (>= 2.33)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, i386, mips64el, mipsel]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libhts3 (>= 1.13)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• rec: stringtie-examples

  Пакет недоступен

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Загрузка stringtie

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	387,2 Кб	997,0 Кб	[список файлов]
arm64	337,6 Кб	937,0 Кб	[список файлов]
armel	334,3 Кб	952,0 Кб	[список файлов]
armhf	342,1 Кб	664,0 Кб	[список файлов]
i386	418,0 Кб	1 244,0 Кб	[список файлов]
mips64el	348,1 Кб	1 159,0 Кб	[список файлов]
mipsel	349,4 Кб	1 176,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	401,3 Кб	1 245,0 Кб	[список файлов]
s390x	350,1 Кб	1 053,0 Кб	[список файлов]