Пакет: bio-rainbow (2.0.4+dfsg-2 и другие)

[ Источник: bio-rainbow  ]

clustering and assembling short reads for bioinformatics

Efficient tool for clustering and assembling short reads, especially for RAD.

Rainbow is developed to provide an ultra-fast and memory-efficient solution to clustering and assembling short reads produced by RAD-seq. First, Rainbow clusters reads using a spaced seed method. Then, Rainbow implements a heterozygote calling like strategy to divide potential groups into haplotypes in a top-down manner. long a guided tree, it iteratively merges sibling leaves in a bottom-up manner if they are similar enough. Here, the similarity is defined by comparing the 2nd reads of a RAD segment. This approach tries to collapse heterozygote while discriminate repetitive sequences. At last, Rainbow uses a greedy algorithm to locally assemble merged reads into contigs. Rainbow not only outputs the optimal but also suboptimal assembly results. Based on simulation and a real guppy RAD-seq data, it is shown that Rainbow is more competent than the other tools in dealing with RAD-seq data.

Другие пакеты, относящиеся к bio-rainbow

• dep: libc6 (>= 2.29) [не alpha, arm64, ia64, loong64, riscv64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

Загрузка bio-rainbow

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.0.4+dfsg-2	62,7 Кб	210,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.0.4+dfsg-2	58,8 Кб	186,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.0.4+dfsg-2+b2	58,3 Кб	307,0 Кб	[список файлов]
armel	2.0.4+dfsg-2	56,7 Кб	179,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.0.4+dfsg-2	56,0 Кб	143,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.0.4+dfsg-2	63,2 Кб	194,0 Кб	[список файлов]
i386	2.0.4+dfsg-2	63,9 Кб	203,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.0.4+dfsg-2	75,4 Кб	311,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	2.0.4+dfsg-2	59,6 Кб	194,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.0.4+dfsg-2	56,1 Кб	175,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.0.4+dfsg-2	61,4 Кб	209,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.0.4+dfsg-2	65,8 Кб	306,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.0.4+dfsg-2	65,6 Кб	306,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.0.4+dfsg-2+b3	63,3 Кб	163,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.0.4+dfsg-2	55,9 Кб	194,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.0.4+dfsg-2	65,9 Кб	167,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.0.4+dfsg-2	52,9 Кб	181,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.0.4+dfsg-2	59,3 Кб	183,0 Кб	[список файлов]