Пакет: bio-rainbow (2.0.4+dfsg-2 и другие)
Ссылки для bio-rainbow
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код bio-rainbow:
- [bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2.dsc]
- [bio-rainbow_2.0.4+dfsg.orig.tar.xz]
- [bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2.debian.tar.xz]
Сопровождающие:
- Debian Med Packaging Team (Страница КК, Почтовый архив)
- Olivier Sallou (Страница КК)
- Pranav Ballaney (Страница КК)
Внешние ресурсы:
- Сайт [sourceforge.net]
Подобные пакеты:
clustering and assembling short reads for bioinformatics
Efficient tool for clustering and assembling short reads, especially for RAD.
Rainbow is developed to provide an ultra-fast and memory-efficient solution to clustering and assembling short reads produced by RAD-seq. First, Rainbow clusters reads using a spaced seed method. Then, Rainbow implements a heterozygote calling like strategy to divide potential groups into haplotypes in a top-down manner. long a guided tree, it iteratively merges sibling leaves in a bottom-up manner if they are similar enough. Here, the similarity is defined by comparing the 2nd reads of a RAD segment. This approach tries to collapse heterozygote while discriminate repetitive sequences. At last, Rainbow uses a greedy algorithm to locally assemble merged reads into contigs. Rainbow not only outputs the optimal but also suboptimal assembly results. Based on simulation and a real guppy RAD-seq data, it is shown that Rainbow is more competent than the other tools in dealing with RAD-seq data.
Другие пакеты, относящиеся к bio-rainbow
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29) [не arm64, riscv64]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]
-
- dep: perl
- практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
Загрузка bio-rainbow
Архитектура | Версия | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
---|---|---|---|---|
amd64 | 2.0.4+dfsg-2 | 58,8 Кб | 186,0 Кб | [список файлов] |
arm64 | 2.0.4+dfsg-2+b1 | 58,1 Кб | 307,0 Кб | [список файлов] |
armel | 2.0.4+dfsg-2 | 56,7 Кб | 179,0 Кб | [список файлов] |
armhf | 2.0.4+dfsg-2 | 56,0 Кб | 143,0 Кб | [список файлов] |
i386 | 2.0.4+dfsg-2 | 63,9 Кб | 203,0 Кб | [список файлов] |
mips64el | 2.0.4+dfsg-2 | 61,4 Кб | 209,0 Кб | [список файлов] |
ppc64el | 2.0.4+dfsg-2 | 65,6 Кб | 306,0 Кб | [список файлов] |
riscv64 | 2.0.4+dfsg-2+b2 | 63,0 Кб | 163,0 Кб | [список файлов] |
s390x | 2.0.4+dfsg-2 | 55,9 Кб | 194,0 Кб | [список файлов] |