Пакет: bio-rainbow (2.0.4+dfsg-2 и други)

[ Източник: bio-rainbow  ]

clustering and assembling short reads for bioinformatics

Efficient tool for clustering and assembling short reads, especially for RAD.

Rainbow is developed to provide an ultra-fast and memory-efficient solution to clustering and assembling short reads produced by RAD-seq. First, Rainbow clusters reads using a spaced seed method. Then, Rainbow implements a heterozygote calling like strategy to divide potential groups into haplotypes in a top-down manner. long a guided tree, it iteratively merges sibling leaves in a bottom-up manner if they are similar enough. Here, the similarity is defined by comparing the 2nd reads of a RAD segment. This approach tries to collapse heterozygote while discriminate repetitive sequences. At last, Rainbow uses a greedy algorithm to locally assemble merged reads into contigs. Rainbow not only outputs the optimal but also suboptimal assembly results. Based on simulation and a real guppy RAD-seq data, it is shown that Rainbow is more competent than the other tools in dealing with RAD-seq data.

Други пакети, свързани с bio-rainbow

• dep: libc6 (>= 2.29) [не alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

Изтегляне на bio-rainbow

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	2.0.4+dfsg-2	62,7 кБ	210,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	2.0.4+dfsg-2	58,8 кБ	186,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.0.4+dfsg-2+b1	58,1 кБ	307,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2.0.4+dfsg-2	56,7 кБ	179,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2.0.4+dfsg-2	56,0 кБ	143,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	2.0.4+dfsg-2	63,2 кБ	194,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2.0.4+dfsg-2	63,9 кБ	203,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	2.0.4+dfsg-2	75,4 кБ	311,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	2.0.4+dfsg-2	56,1 кБ	175,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.0.4+dfsg-2	61,4 кБ	209,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.0.4+dfsg-2	65,8 кБ	306,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.0.4+dfsg-2	65,6 кБ	306,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2.0.4+dfsg-2+b2	63,0 кБ	163,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.0.4+dfsg-2	55,9 кБ	194,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	2.0.4+dfsg-2	65,9 кБ	167,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	2.0.4+dfsg-2	52,9 кБ	181,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	2.0.4+dfsg-2	59,3 кБ	183,0 кБ	[списък на файловете]