Tarkennettu haku
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: bio-rainbow  ]

Paketti: bio-rainbow (2.0.4+dfsg-2 ja muut)

Links for bio-rainbow

Screenshot

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti bio-rainbow:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Samankaltaisia paketteja:

clustering and assembling short reads for bioinformatics

Efficient tool for clustering and assembling short reads, especially for RAD.

Rainbow is developed to provide an ultra-fast and memory-efficient solution to clustering and assembling short reads produced by RAD-seq. First, Rainbow clusters reads using a spaced seed method. Then, Rainbow implements a heterozygote calling like strategy to divide potential groups into haplotypes in a top-down manner. long a guided tree, it iteratively merges sibling leaves in a bottom-up manner if they are similar enough. Here, the similarity is defined by comparing the 2nd reads of a RAD segment. This approach tries to collapse heterozygote while discriminate repetitive sequences. At last, Rainbow uses a greedy algorithm to locally assemble merged reads into contigs. Rainbow not only outputs the optimal but also suboptimal assembly results. Based on simulation and a real guppy RAD-seq data, it is shown that Rainbow is more competent than the other tools in dealing with RAD-seq data.

Muut pakettiin bio-rainbow liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Imuroi bio-rainbow

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Versio Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros) 2.0.4+dfsg-2 62.7 kt210.0 kt [tiedostoluettelo]
amd64 2.0.4+dfsg-2 58.8 kt186.0 kt [tiedostoluettelo]
arm64 2.0.4+dfsg-2+b1 58.1 kt307.0 kt [tiedostoluettelo]
armel 2.0.4+dfsg-2 56.7 kt179.0 kt [tiedostoluettelo]
armhf 2.0.4+dfsg-2 56.0 kt143.0 kt [tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros) 2.0.4+dfsg-2 63.2 kt194.0 kt [tiedostoluettelo]
i386 2.0.4+dfsg-2 63.9 kt203.0 kt [tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros) 2.0.4+dfsg-2 75.4 kt311.0 kt [tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros) 2.0.4+dfsg-2 56.1 kt175.0 kt [tiedostoluettelo]
mips64el 2.0.4+dfsg-2 61.4 kt209.0 kt [tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros) 2.0.4+dfsg-2 65.8 kt306.0 kt [tiedostoluettelo]
ppc64el 2.0.4+dfsg-2 65.6 kt306.0 kt [tiedostoluettelo]
riscv64 2.0.4+dfsg-2+b2 63.0 kt163.0 kt [tiedostoluettelo]
s390x 2.0.4+dfsg-2 55.9 kt194.0 kt [tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros) 2.0.4+dfsg-2 65.9 kt167.0 kt [tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros) 2.0.4+dfsg-2 52.9 kt181.0 kt [tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros) 2.0.4+dfsg-2 59.3 kt183.0 kt [tiedostoluettelo]