Paketti: bio-rainbow (2.0.4+dfsg-2 ja muut)

[ Source: bio-rainbow  ]

clustering and assembling short reads for bioinformatics

Efficient tool for clustering and assembling short reads, especially for RAD.

Rainbow is developed to provide an ultra-fast and memory-efficient solution to clustering and assembling short reads produced by RAD-seq. First, Rainbow clusters reads using a spaced seed method. Then, Rainbow implements a heterozygote calling like strategy to divide potential groups into haplotypes in a top-down manner. long a guided tree, it iteratively merges sibling leaves in a bottom-up manner if they are similar enough. Here, the similarity is defined by comparing the 2nd reads of a RAD segment. This approach tries to collapse heterozygote while discriminate repetitive sequences. At last, Rainbow uses a greedy algorithm to locally assemble merged reads into contigs. Rainbow not only outputs the optimal but also suboptimal assembly results. Based on simulation and a real guppy RAD-seq data, it is shown that Rainbow is more competent than the other tools in dealing with RAD-seq data.

Muut pakettiin bio-rainbow liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.29) [ei alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

Imuroi bio-rainbow

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	2.0.4+dfsg-2	62.7 kt	210.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	2.0.4+dfsg-2	58.8 kt	186.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.0.4+dfsg-2+b1	58.1 kt	307.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	2.0.4+dfsg-2	56.7 kt	179.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	2.0.4+dfsg-2	56.0 kt	143.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	2.0.4+dfsg-2	63.2 kt	194.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	2.0.4+dfsg-2	63.9 kt	203.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.0.4+dfsg-2	75.4 kt	311.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	2.0.4+dfsg-2	56.1 kt	175.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.0.4+dfsg-2	61.4 kt	209.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	2.0.4+dfsg-2	65.8 kt	306.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.0.4+dfsg-2	65.6 kt	306.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.0.4+dfsg-2+b2	63.0 kt	163.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.0.4+dfsg-2	55.9 kt	194.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	2.0.4+dfsg-2	65.9 kt	167.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	2.0.4+dfsg-2	52.9 kt	181.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	2.0.4+dfsg-2	59.3 kt	183.0 kt	[tiedostoluettelo]