Пакет: flexbar (1:3.5.0-6)

[ Источник: flexbar  ]

Экспериментальный пакет

Предупреждение: данный пакет находится в экспериментальной ветке дистрибутива. Это означает, что он нестабилен или содержит ошибки, и даже может вызвать потерю данных. Перед использованием внимательно прочитайте файл changelog и другую доступную документацию.

flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms

Flexbar preprocesses high-throughput sequencing data efficiently. It demultiplexes barcoded runs and removes adapter sequences. Moreover, trimming and filtering features are provided. Flexbar increases mapping rates and improves genome and transcriptome assemblies. It supports next-generation sequencing data in fasta/q and csfasta/q format from Illumina, Roche 454, and the SOLiD platform.

Parameter names changed in Flexbar. Please review scripts. The recent months, default settings were optimised, several bugs were fixed and various improvements were made, e.g. revamped command-line interface, new trimming modes as well as lower time and memory requirements.

Другие пакеты, относящиеся к flexbar

• dep: libbz2-1.0

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, loong64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не m68k]

• dep: libtbb12 (>= 2021.12.0) [не alpha, amd64, hppa]

  parallelism library for C++ - runtime files

  dep: libtbb12 (>= 2021.4.0) [amd64]

  dep: libtbb12 (>= 2021.5.0) [hppa]

  dep: libtbb12 (>= 2021.8.0) [alpha]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

Загрузка flexbar

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	324,0 Кб	1 346,0 Кб	[список файлов]
amd64	371,3 Кб	1 262,0 Кб	[список файлов]
arm64	320,3 Кб	1 214,0 Кб	[список файлов]
armel	316,8 Кб	1 157,0 Кб	[список файлов]
armhf	326,0 Кб	901,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	320,0 Кб	1 114,0 Кб	[список файлов]
i386	374,7 Кб	1 257,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	336,7 Кб	1 198,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	317,5 Кб	1 165,0 Кб	[список файлов]
mips64el	301,8 Кб	1 385,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	352,2 Кб	1 534,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	356,7 Кб	1 406,0 Кб	[список файлов]
riscv64	354,0 Кб	1 006,0 Кб	[список файлов]
s390x	360,9 Кб	1 282,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	430,0 Кб	1 214,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	285,4 Кб	2 116,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	369,5 Кб	1 193,0 Кб	[список файлов]