Paquet : flexbar (1:3.5.0-6)

[ Paquet source : flexbar  ]

Paquet « expérimental »

Avertissement : ce paquet appartient à la distribution expérimentale. Cela signifie qu'il peut être instable ou bogué et peut éventuellement causer des pertes de données. Assurez-vous de consulter le journal des modifications (changelog) et les autres documentations existantes avant de l'utiliser.

code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

Le paquet Flexbar prétraite les données de séquençage efficacement et à haut débit. Il démultiplexe les lectures de code-barres et enlève les séquences d'adaptation. De plus, les fonctionnalités de découpage et de filtrage sont fournies. Le paquet Flexbar augmente les taux de correspondance et améliore les assemblages du génome et du transcriptome. Il gère les données de séquençage de dernière génération aux formats FASTA/Q et CSFASTA/Q des plateformes de l'entreprise Illumina, 454 de l'entreprise Roche et SOLiD de l'entreprise AppliedBIosystems.

Les noms de paramètres ont changé dans le paquet Flexbar. Veuillez donc vérifier vos scripts. Ces derniers mois, les paramètres par défaut ont été optimisés, plusieurs bogues ont été réparés, et diverses améliorations ont été effectuées, par exemple une interface en ligne de commande rénovée, de nouveaux modes de découpage ainsi que des exigences plus faibles en temps et en mémoire.

Autres paquets associés à flexbar

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.38) [non sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non m68k]

• dep: libtbb12 (>= 2021.12.0) [non amd64, hppa]

  bibliothèque de parallélisme pour C++ – environnement d’exécution

  dep: libtbb12 (>= 2021.4.0) [amd64]

  dep: libtbb12 (>= 2021.5.0) [hppa]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger flexbar

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	371,3 ko	1 262,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	320,3 ko	1 214,0 ko	[liste des fichiers]
armel	316,8 ko	1 157,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	326,0 ko	901,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	320,0 ko	1 114,0 ko	[liste des fichiers]
i386	374,7 ko	1 257,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	317,5 ko	1 165,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	301,8 ko	1 385,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	352,2 ko	1 534,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	356,7 ko	1 406,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	354,0 ko	1 006,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	360,9 ko	1 282,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	430,0 ko	1 214,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	285,4 ko	2 116,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	369,5 ko	1 193,0 ko	[liste des fichiers]