Paketti: flexbar (1:3.5.0-6)

[ Source: flexbar  ]

Kokeellinen paketti

Varoitus: Tämä paketti on kokeellisesta jakelusta. Tämä tarkoittaa, että se on luultavasti epävakaa tai buginen, ja voi aiheuttaa jopa tiedonhäviötä. Kannattaa ehdottomasti tutustua muutoslokiin ja muihin mahdollisiin ohjeisiin ennen käyttöönottoa.

flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms

Flexbar preprocesses high-throughput sequencing data efficiently. It demultiplexes barcoded runs and removes adapter sequences. Moreover, trimming and filtering features are provided. Flexbar increases mapping rates and improves genome and transcriptome assemblies. It supports next-generation sequencing data in fasta/q and csfasta/q format from Illumina, Roche 454, and the SOLiD platform.

Parameter names changed in Flexbar. Please review scripts. The recent months, default settings were optimised, several bugs were fixed and various improvements were made, e.g. revamped command-line interface, new trimming modes as well as lower time and memory requirements.

Muut pakettiin flexbar liittyvät paketit

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.38) [ei sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ei m68k]

• dep: libtbb12 (>= 2021.12.0) [ei amd64, hppa]

  parallelism library for C++ - runtime files

  dep: libtbb12 (>= 2021.4.0) [amd64]

  dep: libtbb12 (>= 2021.5.0) [hppa]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi flexbar

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	371.3 kt	1,262.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	320.3 kt	1,214.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	316.8 kt	1,157.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	326.0 kt	901.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	320.0 kt	1,114.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	374.7 kt	1,257.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	317.5 kt	1,165.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	301.8 kt	1,385.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	352.2 kt	1,534.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	356.7 kt	1,406.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	354.0 kt	1,006.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	360.9 kt	1,282.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	430.0 kt	1,214.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	285.4 kt	2,116.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	369.5 kt	1,193.0 kt	[tiedostoluettelo]