Balík: flexbar (1:3.5.0-6)

[ Zdroj: flexbar  ]

Experimentálny balík

Upozornenie: Tento balík pochádza z distribúcie experimental. To znamená, že je pravdepodobne nestabilný alebo môže dokonca spôsobiť stratu údajov. Predtým, než ho začnete používať sa prosím pozrite do záznamu zmien a ďalšej možnej dokumentácie.

flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms

Flexbar preprocesses high-throughput sequencing data efficiently. It demultiplexes barcoded runs and removes adapter sequences. Moreover, trimming and filtering features are provided. Flexbar increases mapping rates and improves genome and transcriptome assemblies. It supports next-generation sequencing data in fasta/q and csfasta/q format from Illumina, Roche 454, and the SOLiD platform.

Parameter names changed in Flexbar. Please review scripts. The recent months, default settings were optimised, several bugs were fixed and various improvements were made, e.g. revamped command-line interface, new trimming modes as well as lower time and memory requirements.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom flexbar

• dep: libbz2-1.0

  kvalitná knižnica na komprimáciu súborov s triedením blokov - dynamická knižnica

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie m68k]

• dep: libtbb12 (>= 2021.12.0) [nie amd64, hppa]

  knižnica paralelizmu pre jazyk C++ - dynamické súbory

  dep: libtbb12 (>= 2021.4.0) [amd64]

  dep: libtbb12 (>= 2021.5.0) [hppa]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť flexbar

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	371.3 kB	1,262.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	320.3 kB	1,214.0 kB	[zoznam súborov]
armel	316.8 kB	1,157.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	326.0 kB	901.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	320.0 kB	1,114.0 kB	[zoznam súborov]
i386	374.7 kB	1,257.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	317.5 kB	1,165.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	301.8 kB	1,385.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	352.2 kB	1,534.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	356.7 kB	1,406.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	354.0 kB	1,006.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	360.9 kB	1,282.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	430.0 kB	1,214.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	285.4 kB	2,116.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	369.5 kB	1,193.0 kB	[zoznam súborov]