Package: minimap2 (2.24+dfsg-3 and others)

[ Source: minimap2  ]

Alsidig parvis sammenligner for genomiske og opdelte nukleotide sekvenser

Minimap2 er et alsidigt program til sekvenssammenligning for DNA- eller mRNA-sekvenser mod en stor referencedatabase. Typisk brug inkluderer: (1) oversættelse af PacBio- eller Oxford Nanopore-genomlæsninger til det menneskelige genom; (2) finde overlap mellem lange læsninger med fejlrater op til ~15%; (3) opdelt sammenligning af PacBio Iso-Seq eller Nanopore cDNA- eller Direct RNA-læsninger mod et referencegenom; (4) sammenligning af Illumina enkelte eller parrede læsninger; (5) samling til samling-sammenligning; (6) sammenligning af fuldt genom mellem to tæt relaterede arter med divergens under ~15%.

For ~10kb støjende læsningssekvenser er minimap2 ti gange hurtigere end væsentlige lang læsning-oversættere såsom BLASR, BWA-MEM, NGMLR og GMAP. Programmet er mere præcist på simulerede lange læsninger og fremstiller biologisk meningsfuld sammenligning klar til analyser. For >100bp Illumina-korte læsninger er minimap2 tre gange så hurtig som BWA-MEM og Bowtie2 og ligeså præcis på simulerede data. Detaljerede evalueringer er tilgængelige fra minimap2-søgeren eller fra forhåndsudskrivningen.

Other Packages Related to minimap2

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download minimap2

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.24+dfsg-3+b1	377.2 kB	498.0 kB	[list of files]
arm64	2.24+dfsg-3+b1	369.0 kB	510.0 kB	[list of files]
armel	2.24+dfsg-3+b1	386.7 kB	545.0 kB	[list of files]
armhf	2.24+dfsg-3+b1	388.1 kB	477.0 kB	[list of files]
i386	2.24+dfsg-3+b1	384.2 kB	525.0 kB	[list of files]
mips64el	2.24+dfsg-3+b1	402.3 kB	582.0 kB	[list of files]
mipsel	2.24+dfsg-3+b1	412.6 kB	645.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.24+dfsg-3+b1	389.0 kB	574.0 kB	[list of files]
s390x	2.24+dfsg-3+b1	389.4 kB	567.0 kB	[list of files]