Пакет: minimap2 (2.24+dfsg-3 и други)

Връзки за minimap2

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник minimap2.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [github.com]

Подобни пакети:

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Други пакети, свързани с minimap2

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

compression library - runtime

Изтегляне на minimap2

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	2.24+dfsg-3+b1	377,2 кБ	498,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.24+dfsg-3+b1	369,0 кБ	510,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2.24+dfsg-3+b1	386,7 кБ	545,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2.24+dfsg-3+b1	388,1 кБ	477,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2.24+dfsg-3+b1	384,2 кБ	525,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.24+dfsg-3+b1	402,3 кБ	582,0 кБ	[списък на файловете]
mipsel	2.24+dfsg-3+b1	412,6 кБ	645,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.24+dfsg-3+b1	389,0 кБ	574,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.24+dfsg-3+b1	389,4 кБ	567,0 кБ	[списък на файловете]