Pacote: ragout (2.3-5 e outros)

[ Fonte: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for chromosome-level scaffolding using multiple references. Given initial assembly fragments (contigs/scaffolds) and one or multiple related references (complete or draft), it produces a chromosome-scale assembly (as a set of scaffolds).

The approach is based on the analysis of genome rearrangements (like inversions or chromosomal translocations) between the input genomes and reconstructing the most parsimonious structure of the target genome.

Ragout now supports both small and large genomes (of mammalian scale and complexity). The assembly of highly polymorphic genomes is currently limited.

Outros pacotes relacionados a ragout

• dep: libc6 (>= 2.34) [não arm64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não armel, armhf, i386, riscv64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não arm64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-six

  biblioteca de compatibilidade entre Python 2 e 3

• rec: sibelia

  comparative genomics tool

Download de ragout

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	2.3-5	2,072.9 kB	9,659.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.3-5+b2	2,068.1 kB	9,664.0 kB	[lista de arquivos]
armel	2.3-5	2,063.8 kB	9,629.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	2.3-5	2,066.9 kB	9,585.0 kB	[lista de arquivos]
i386	2.3-5	2,085.3 kB	9,673.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.3-5	2,072.5 kB	9,801.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.3-5	2,077.4 kB	9,791.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	2.3-5	2,072.2 kB	9,607.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	2.3-5	2,075.7 kB	9,683.0 kB	[lista de arquivos]