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Chemical toolbox utilities (cli)

Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data. It allows one to search, convert, analyze, or store data from molecular modeling, chemistry, solid-state materials, biochemistry, or related areas. Features include:

 * Hydrogen addition and deletion
 * Support for Molecular Mechanics
 * Support for SMARTS molecular matching syntax
 * Automatic feature perception (rings, bonds, hybridization, aromaticity)
 * Flexible atom typer and perception of multiple bonds from atomic coordinates
 * Gasteiger-Marsili partial charge calculation

File formats Open Babel supports include PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC and MPQC.

This package includes the following utilities:

 * obabel: Convert between various chemical file formats
 * obenergy: Calculate the energy for a molecule
 * obminimize: Optimize the geometry, minimize the energy for a molecule
 * obgrep: Molecular search program using SMARTS pattern
 * obgen: Generate 3D coordinates for a molecule
 * obprop: Print standard molecular properties
 * obfit: Superimpose two molecules based on a pattern
 * obrotamer: Generate conformer/rotamer coordinates
 * obconformer: Generate low-energy conformers
 * obchiral: Print molecular chirality information
 * obrotate: Rotate dihedral angle of molecules in batch mode
 * obprobe: Create electrostatic probe grid

Etiquetas: Campo: Química, Implementado em: C++, Interface de usuário(a): interface::commandline, role::program, Alcance: Utilitários, Propósito: Conversão de dados

Outros pacotes relacionados a openbabel

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Arquitetura Versão Tamanho do pacote Tamanho instalado Arquivos
alpha (porte não oficial) 3.1.1+dfsg-12 127.0 kB1,452.0 kB [lista de arquivos]
amd64 3.1.1+dfsg-12 126.5 kB635.0 kB [lista de arquivos]
arm64 3.1.1+dfsg-12 118.3 kB1,388.0 kB [lista de arquivos]
armel 3.1.1+dfsg-12 120.3 kB1,369.0 kB [lista de arquivos]
armhf 3.1.1+dfsg-12 120.5 kB1,369.0 kB [lista de arquivos]
hppa (porte não oficial) 3.1.1+dfsg-12 129.5 kB560.0 kB [lista de arquivos]
i386 3.1.1+dfsg-12 129.1 kB612.0 kB [lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial) 3.1.1+dfsg-9 136.3 kB731.0 kB [lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial) 3.1.1+dfsg-12 121.9 kB1,387.0 kB [lista de arquivos]
m68k (porte não oficial) 3.1.1+dfsg-9+b1 131.6 kB573.0 kB [lista de arquivos]
mips64el 3.1.1+dfsg-12 127.6 kB1,407.0 kB [lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial) 3.1.1+dfsg-12 123.8 kB1,470.0 kB [lista de arquivos]
ppc64el 3.1.1+dfsg-12 124.6 kB1,452.0 kB [lista de arquivos]
riscv64 3.1.1+dfsg-12 123.1 kB516.0 kB [lista de arquivos]
s390x 3.1.1+dfsg-12 124.2 kB563.0 kB [lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial) 3.1.1+dfsg-12 142.9 kB1,368.0 kB [lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial) 3.1.1+dfsg-12 121.2 kB19,658.0 kB [lista de arquivos]
x32 (porte não oficial) 3.1.1+dfsg-12 124.4 kB593.0 kB [lista de arquivos]