Pacote: minimap (0.2-8 e outros)

[ Fonte: minimap  ]

tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

Minimap is an experimental tool to efficiently find multiple approximate mapping positions between two sets of long biological sequences, such as between DNA reads and reference genomes, between genomes and between long noisy reads. Minimap does not generate alignments as of now and because of this, it is usually tens of times faster than mainstream aligners. It does not replace mainstream aligners, but it can be useful when you want to quickly identify long approximate matches at moderate divergence among a huge collection of sequences. For this task, it is much faster than most existing tools.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Função: Programa, Alcance: scope::utility, use::calculating, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a minimap

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [não armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

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Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.2-8+b2	25.9 kB	84.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.2-8+b3	26.3 kB	68.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.2-8+b3	24.6 kB	84.0 kB	[lista de arquivos]
armel	0.2-8+b3	25.9 kB	83.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	0.2-8+b3	24.1 kB	83.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	0.2-8+b2	28.2 kB	72.0 kB	[lista de arquivos]
i386	0.2-8+b3	28.6 kB	67.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	0.2-8	32.4 kB	98.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	0.2-8+b2	25.1 kB	84.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	0.2-8+b2	24.8 kB	59.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.2-8+b3	26.1 kB	86.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.2-8+b2	28.4 kB	84.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.2-8+b3	28.0 kB	84.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.2-8+b3	25.5 kB	56.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	0.2-8+b3	27.9 kB	68.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	0.2-8+b2	28.8 kB	83.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.2-8+b2	22.9 kB	1,045.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.2-8+b2	25.7 kB	63.0 kB	[lista de arquivos]