Pacote: grabix (0.1.7-5 e outros)

[ Fonte: grabix  ]

wee tool for random access into BGZF files

In biomedical research it is increasing practice to study the genetic basis of disease. This now frequently comprises the sequencing of human sequences. The output of the machine however is redundant, and the real sequence is the best sequence to explain the redundancy. The exchange of data happens only with compressed files - to huge and redundant to perform otherwise. One should avoid uncompression whenever possible.

grabix leverages the fantastic BGZF library of the samtools package to provide random access into text files that have been compressed with bgzip. grabix creates it's own index (.gbi) of the bgzipped file. Once indexed, one can extract arbitrary lines from the file with the grab command. Or choose random lines with the, well, random command.

Outros pacotes relacionados a grabix

• dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [não armel, armhf, hppa, m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não ia64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: tabix

  indexador genérico para arquivos de posicionamento de genoma delimitados por TAB

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de grabix

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.1.7-5	14.7 kB	92.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.1.7-5	14.9 kB	56.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.1.7-5	14.2 kB	92.0 kB	[lista de arquivos]
armel	0.1.7-5	15.9 kB	91.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	0.1.7-5	15.2 kB	91.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	0.1.7-5	16.5 kB	52.0 kB	[lista de arquivos]
i386	0.1.7-5	16.1 kB	59.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	0.1.7-4	16.9 kB	63.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	0.1.7-5	14.4 kB	91.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	0.1.7-5	26.4 kB	108.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.1.7-5	15.4 kB	93.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.1.7-5	15.2 kB	92.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.1.7-5	14.9 kB	92.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.1.7-5	14.3 kB	48.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	0.1.7-5	14.5 kB	52.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	0.1.7-5	28.3 kB	148.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.1.7-5	14.0 kB	1,054.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.1.7-5	14.9 kB	51.0 kB	[lista de arquivos]