Pacote: grabix (0.1.7-5)

[ Fonte: grabix  ]

wee tool for random access into BGZF files

In biomedical research it is increasing practice to study the genetic basis of disease. This now frequently comprises the sequencing of human sequences. The output of the machine however is redundant, and the real sequence is the best sequence to explain the redundancy. The exchange of data happens only with compressed files - to huge and redundant to perform otherwise. One should avoid uncompression whenever possible.

grabix leverages the fantastic BGZF library of the samtools package to provide random access into text files that have been compressed with bgzip. grabix creates it's own index (.gbi) of the bgzipped file. Once indexed, one can extract arbitrary lines from the file with the grab command. Or choose random lines with the, well, random command.

Outros pacotes relacionados a grabix

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [não armel, armhf]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: tabix

  indexador genérico para arquivos de posicionamento de genoma delimitados por TAB

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de grabix

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	14.9 kB	56.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	14.2 kB	92.0 kB	[lista de arquivos]
armel	15.9 kB	91.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	15.2 kB	91.0 kB	[lista de arquivos]
i386	16.1 kB	59.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	15.4 kB	93.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	14.9 kB	92.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	14.3 kB	48.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	14.5 kB	52.0 kB	[lista de arquivos]