パッケージ: grabix (0.1.7-5 など)

[ ソース: grabix  ]

wee tool for random access into BGZF files

In biomedical research it is increasing practice to study the genetic basis of disease. This now frequently comprises the sequencing of human sequences. The output of the machine however is redundant, and the real sequence is the best sequence to explain the redundancy. The exchange of data happens only with compressed files - to huge and redundant to perform otherwise. One should avoid uncompression whenever possible.

grabix leverages the fantastic BGZF library of the samtools package to provide random access into text files that have been compressed with bgzip. grabix creates it's own index (.gbi) of the bgzipped file. Once indexed, one can extract arbitrary lines from the file with the grab command. Or choose random lines with the, well, random command.

その他の grabix 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, ia64, loong64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [armel, armhf, hppa, m68k 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: tabix

  generic indexer for TAB-delimited genome position files

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

grabix のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.1.7-5	14.7 kB	92.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.1.7-5	14.9 kB	56.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.1.7-5	14.2 kB	92.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.1.7-5	15.9 kB	91.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.1.7-5	15.2 kB	91.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	0.1.7-5	16.5 kB	52.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.1.7-5	16.1 kB	59.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.1.7-4	16.9 kB	63.0 kB	[ファイル一覧]
loong64 (非公式の移植版)	0.1.7-5	14.4 kB	91.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.1.7-5	26.4 kB	108.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.1.7-5	15.4 kB	93.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.1.7-5	15.2 kB	92.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.1.7-5	14.9 kB	92.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.1.7-5	14.3 kB	48.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	0.1.7-5	14.5 kB	52.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.1.7-5	28.3 kB	148.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.1.7-5	14.0 kB	1,054.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.1.7-5	14.9 kB	51.0 kB	[ファイル一覧]