Package: grabix (0.1.7-5 and others)

[ Source: grabix  ]

piccolo strumento per accesso casuale a file BGZF

Nella ricerca biomedica, è in aumento la pratica di studiare la base genetica della malattia. Ciò attualmente include di frequente il sequenziamento di sequenze umane. Tuttavia, l'output della macchina è ridondante e la vera sequenza è la migliore sequenza che spiega la ridondanza. Lo scambio di dati avviene solo con file compressi, troppo enormi e ridondanti per fare diversamente. Si dovrebbe evitare la decompressione quando possibile.

grabix sfrutta la fantastica libreria BGZF del pacchetto samtools per fornire accesso casuale ai file di testo che sono stati compressi con bgzip. grabix crea il proprio indice (.gbi) del file compresso con bgzip. Una volta indicizzato, si possono estrarre righe arbitrarie dal file con il comando grab. O scegliere righe casuali con il comando random.

Other Packages Related to grabix

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

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  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

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  libreria di supporto a GCC

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  libreria di supporto a GCC

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  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ia64]

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• dep: tabix

  indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  libreria di compressione - runtime

Download grabix

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.1.7-5	14.7 kB	92.0 kB	[list of files]
amd64	0.1.7-5	14.9 kB	56.0 kB	[list of files]
arm64	0.1.7-5	14.2 kB	92.0 kB	[list of files]
armel	0.1.7-5	15.9 kB	91.0 kB	[list of files]
armhf	0.1.7-5	15.2 kB	91.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.1.7-5	16.5 kB	52.0 kB	[list of files]
i386	0.1.7-5	16.1 kB	59.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.1.7-4	16.9 kB	63.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	0.1.7-5	14.4 kB	91.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.1.7-5	26.4 kB	108.0 kB	[list of files]
mips64el	0.1.7-5	15.4 kB	93.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.1.7-5	15.2 kB	92.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.1.7-5	14.9 kB	92.0 kB	[list of files]
riscv64	0.1.7-5	14.3 kB	48.0 kB	[list of files]
s390x	0.1.7-5	14.5 kB	52.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.1.7-5	28.3 kB	148.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.1.7-5	14.0 kB	1,054.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.1.7-5	14.9 kB	51.0 kB	[list of files]