Pakiet: r-bioc-dropletutils (1.26.0+ds-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: r-bioc-dropletutils  ]

BioConductor utilities for handling single-cell droplet data

Provides a number of utility functions for handling single-cell (RNA-seq) data from droplet technologies such as 10X Genomics. This includes data loading from count matrices or molecule information files, identification of cells from empty droplets, removal of barcode-swapped pseudo-cells, and downsampling of the count matrix.

Inne pakiety związane z r-bioc-dropletutils

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie alpha, hppa, ia64, riscv64, sh4, sparc64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libhdf5-103-1 [x32]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [hppa, ia64, sh4]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [nie hppa, ia64, sh4, x32]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-cpp-103-1 (>= 1.10.5) [x32]

  HDF5 - C++ runtime files - serial version

• dep: libhdf5-cpp-103-1t64 (>= 1.10.5) [hppa, ia64, sh4]

  HDF5 - C++ runtime files - serial version

• dep: libhdf5-cpp-310 (>= 1.14.3) [nie hppa, ia64, sh4, x32]

  HDF5 - C++ runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [x32]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: r-api-4.0

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-bioc-3.20 [nie hppa, ia64, sh4, x32]

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-bioc-beachmat

  I/O for several formats storing matrix data

• dep: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-delayedarray [hppa, ia64, sh4, x32]

  BioConductor delayed operations on array-like objects

  dep: r-bioc-delayedarray (>= 0.31.9) [nie hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: r-bioc-delayedmatrixstats

  Functions on Rows and Columns of 'DelayedMatrix' Objects

• dep: r-bioc-edger

  Empirical analysis of digital gene expression data in R

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-hdf5array

  HDF5 backend for DelayedArray objects

• dep: r-bioc-iranges

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-rhdf5

  BioConductor HDF5 interface to R

• dep: r-bioc-rhdf5lib

  GNU R hdf5 library

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-scuttle

  BioConductor single-cell RNA-Seq analysis utilities

• dep: r-bioc-singlecellexperiment

  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-sparsearray (>= 1.5.18) [nie hppa, ia64, sh4, x32]

  efficient in-memory representation of multidimensional sparse arrays

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-bh

  (Virtual) GNU R package to provide BH

• dep: r-cran-dqrng

  GNU R fast pseudo random number generators

• dep: r-cran-matrix

  GNU R package of classes for dense and sparse matrices

• dep: r-cran-r.utils

  GNU R various programming utilities

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Pobieranie r-bioc-dropletutils

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.26.0+ds-2	393,3 KiB	833,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.26.0+ds-2	401,4 KiB	765,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.26.0+ds-2	384,0 KiB	769,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.22.0+ds-1+b1	384,2 KiB	775,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.22.0+ds-1+b1	404,7 KiB	1 078,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.26.0+ds-2	382,6 KiB	859,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.26.0+ds-2	401,7 KiB	901,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.26.0+ds-2	400,8 KiB	897,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.26.0+ds-2	400,7 KiB	688,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.26.0+ds-2	401,3 KiB	785,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.22.0+ds-1+b1	400,3 KiB	760,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.26.0+ds-2	375,5 KiB	1 416,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.18.1+ds-1	380,4 KiB	693,0 KiB	[lista plików]